La historia de Junghans empieza en 1861, cuando Edhard y Xaver Junghans fundaron la empresa en la pequeña localidad del sur de Alemania Schramberg. En sus inicios, Junghans fabricaba principalmente piezas para fabricantes de relojes de la Selva Negra. No obstante, no fue hasta 1866 cuando empezaron a fabricar sus calibres propios. Los primeros éxitos de la empresa alemana llegaron con la producción de despertadores, que pasaron a formar parte de su catálogo en 1870. En cambio, no les fue tan fácil con los relojes de bolsillo: tuvieron que fusionarse con la empresa Thomas Haller AG en 1890 para realizar algún progreso en este campo.
Aunque los inicios fueron duros, Junghans no paró de crecer hasta convertirse en 1903 en el fabricante de relojes más grande del mundo empleando más de 3000 trabajadores que fabricaban más de tres millones de relojes al año. En 1928, Junghans empezó a fabricar relojes de pulsera con calibres procedentes de la localidad de Ruhla, un pueblo relojero en Turingia, en el centro de Alemania. En 1930, se lanzaron los primeros relojes con calibres de manufactura de Junghans.
Durante la Segunda Guerra Mundial, Junghans se dedicaba principalmente a fabricar armamento como detonadores e instrumentos de vuelo para aviones. Tras la guerra, se concentró en la fabricación de relojes hasta convertirse a mediados de la década de 1950 en el tercer mayor fabricante de cronómetros del mundo detrás de Rolex y Omega. Su éxito no pudo detenerse ni siendo adquirida de manera hostil por Diehl, una empresa de Nuremberg. De hecho, Junghans logró alcanzar verdaderos hitos con la serie Max Bill y su primer calibre de cronómetro automático, el J83.
A principios de 1960, Junghans empezó a ahondar en el área de los relojes de cuarzo. El resultado fue el reloj de mesa Astro-Chron, presentado en 1967. Tres años después presentó el Astro-Quarz, el primer reloj de pulsera alemán de cuarzo. Desde entonces, Junghans ha continuado haciendo historia presentando algunos relojes con la tecnología más punta de su generación, como el MEGA 1, el primer reloj de pulsera radiocontrolado del mundo, o el Mega Ceramic Solar, el primer reloj de pulsera en aunar tecnología solar y de radiocontrol.
El departamento de relojería de la empresa fue vendida a Egana Goldpfeil Holdings Ltd. en el año 2000 y estuvo al borde de la quiebra 8 años después. No obstante, Junghans resurgió tras ser adquirida por la empresa familiar Steim de Schramberg en 2009.